我看见在信长之野望以及太阁立志传中，关原剧本里，细川家在本州以及九州都有城，这是为什么

这是真实的。

细川家于1582年9月攻灭丹后国北部的一色家，获得丰臣秀吉的承认，自此领有本州岛上的丹后一国。

而在丰臣秀吉死后，细川忠兴开始于德川家康亲近并将三男细川忠利送往江户城作为人质。在1599年石田三成袭击事件以后，受到德川家康的推举加封九州岛丰后国杵筑城。因此在关原之战前夕，细川家共领有本州岛上丹后国12万石与九州岛上丰后国6万石。